Il est possible d'utiliser php pour la création de scripts shell sous linux. Pour ce faire, il faut installer l'interpréteur ligne de commande de php5 (et non le module apache). Par exemple sous ubuntu, il faut installer le module suivant :

php5-cli - command-line interpreter for the php5 scripting language

On peut alors rédiger des scripts en php, en mettant l'entête de fichier suivant :

#!/usr/bin/php
<?php

suivi du code du script. Il faut bien entendu rendre le script exécutable, avec chmod +x monscript.php

On peut accéder aux arguments du script à travers le tableau $argv, et on peut lancer d'autres exécutables via la fonction exec().

Plus d'informations ici :

http://lu.php.net/manual/en/features.commandline.php